رئيس دانشگاه به پيشنهاد هيئت امنا و تصويب توليت عظماي آستان قدس رضوي از بين روحانيون برجسته براي مدت 5 سال تعيين مي‌گردد (مادة 8 اساسنامه) و به هدايت و اداره امور دانشگاه مي‌پردازد.

رؤساي دانشگاه: دانشگاه علوم اسلامي تاكنون حضور سه رئيس را تجربه كرده است كه دو رئيس اول و بخشي از رياست رئيس سوم، پيش از تدوين و تصويب اساسنامه بوده است. در اينجا به مختصري از زندگاني اين بزرگان كه در پيشبرد اهداف دانشگاه سهم بسزايي داشته‌اند، اشاره مي‌شود:

حجت الاسلام و المسلمين دكتر سيدجواد مصطفوي (1301-1368)، نخستين رئيس دانشگاه بودند. وي فرزند سيدمحسن، امام جماعت و عالم طرق مشهد است. تا هشت سالگي در طرق بود، سپس به مشهد آمد. او پس از گذراندن تحصيلات ابتدايي وارد حوزه علميه شد و ادبيات عرب را نزد شيخ محمدرضا دامغاني و مطول و مغني را پيش اديب نيشابوري فراگرفت. لمعتين را از استاد سيد احمد مدرس يزدي و رسائل، مكاسب و كفايه و نيز كلام را از شيخ هاشم قزويني و شرح تجريد را نزد شيخ مجتبي قزويني آموخت. در سال 1331 به تهران رفت و در مدرسة مروي به تدريس مشغول شد. هم زمان در درس سيد احمد خوانساري هم شركت مي‌كرد. در همان سالها وارد دانشكدة الهيات مي‌شود و ليسانس و دكتري را پشت سر مي‌گذارد. در سال 1348 به مشهد برمي‌گردد و رسماً وارد دانشكدة الهيات مي‌شود (ميراث ماندگار، 2/177-186). تأليفات وي دربارة نهج البلاغه (رابطة نهج البلاغه با قرآن و الكاشف عن الفاظ نهج البلاغه في شروحه) معروف است و نيز كتاب بهشت خانوادة ايشان شهرت خاصي دارد. ابعاد گستردة اسلام مجموعة مقالات، الهادي الي اصول الكافي، مفتاح الوسائل و ترجمه و شرح اصول كافي از ديگر آثار ايشان است. ايشان در سالهاي 1363 و 1364 رياست دانشگاه علوم اسلامي رضوي را به عهده داشتند.

آيت الله شيخ رجبعلي رضازاده; زادگاه وي تربت حيدريه است و در سال 1326 ش. وارد حوزة علمية آن شهر شده و درسال1332 ش. به مشهد عزيمت مي‌کند. ادبيات را نزد اديب نيشابوري، قوانين را نزد آيت الله شيخ عبدالنبي کجوري و لمعتين را نزد آيت‌الله حاج ميرزا احمد مدرس فرا مي‌گيرد و به تدريس دروس سطح مشغول مي‌شود. سطوح عالي را در نزد آيت‌الله حاج شيخ هاشم قزويني فرا مي‌گيرد و در سال 1337 در درس خارج آيت‌الله العظمي ميلاني شركت مي‌كند. در سال 1345 به نجف اشرف مي‌رود و در دروس خارج آيت‌الله العظمي خويي ، آيت‌الله وحيد خراساني و حضرت امام خميني (ره) حاضر مي‌شود. وي پس از يک سال به مشهد مقدس باز مي‌گردد و مدت 18 سال در درس خارج آيت‌الله العظمي ميلاني شرکت مي‌کند و از هنگام ورود به مشهد مقدس همواره به تدريس در حوزه مشغول بوده و هم اکنون نيز يکي اساتيد مبرز خارج فقه و اصول حوزة علمية مشهد به شمار مي‌رود. ايشان از سال 1365تا پايان 1369 علاوه بر تدريس در حوزه، رياست دانشگاه رضوي را نيز به عهده داشته‌اند.

حجت الاسلام و المسلمين محمدباقر فرزانه متولد گناباد، از روحانيون مبارز قبل از انقلاب، شاگرد و يار ديرينة رهبر معظم انقلاب و توليت عظماي آستان قدس رضوي، دبير حزب جمهوري اسلامي در خراسان، در سال 1370 به عنوان سومين رئيس دانشگاه منصوب و تاكنون در اين سمت ابقا شده‌اند. از مهمترين اقدامات دوره رياست ايشان مي توان به مصوب شدن اساسنامه و دوره هاي تحصيلي دانشگاه در شوراي عالي انقلاب فرهنگي و برگزاري دوره هاي سه گانه تحصيلي كارشناسي، كارشناسي ارشد و دكتري اشاره كرد. بطوريكه حيات آكادميك دانشگاه و هدفگذاري هاي علمي آن از اين دوره آغاز شد و تاكنون ادامه دارد. در بعد علمي نيز ايشان علاوه بر چاپ مقالات علمي در حوزه قرآن و نهج البلاغه و نيز مدير مسئولي مجله تخصصي الهيات و حقوق، از اساتيد با سابقه حوزه علميه مشهد به شمار مي رود. ايشان همچنين راهنمايي و مشاوره چندين پايان نامه تحصيلات تكميلي را نيز بر عهده داشته است.
رئيس دانشگاه افزون بر انتخاب سه معاون براي حوزه‌هاي آموزش، پژوهش و اداري و پشتيباني، به طور مستقيم بر بخشهاي زير نظارت و اشراف دارند:
گزينش دانشگاه؛ اداره امور فرهنگي و دانشجويي؛ حراست؛ روابط عمومي؛ مجلة انديشة حوزه و مجلة تخصصي.